2015年2月28日，东莞市政府和北京航空航天大学签订了合作共建东莞北京航空航天大学研究院的协议。研究院于2015年5月正式注册成立，是属于东莞市科技局主管的无编制事业单位，业务上接受东莞松山湖管委会和北京航空航天大学的指导。理事会是研究院的最高决策机构，负责任命院级领导和决策重大事项，院长负责研究院业务发展和日常管理工作。